Una de las señas de identidad del centro fue contar, desde sus inicios, con una piscina. Al vaso construido en los 70, inicialmente al aire libre, se le colocó un “globo”en 1980, que permitía entrenar cuando las temperaturas bajaban.  En 1983 se instaló una cubierta fija que se mantuvo hasta hace apenas diez años. Esta piscina fue sede y centro de entrenamiento de la Federación Andaluza de Natación y de la Federación Española.

En septiembre de 2020 se inauguró el nuevo complejo acuático, que consta de una piscina semiolímpica y de un vaso de aprendizaje.